Ekstraordinære protokoller antas å være en forløper til rådstueprotokollene, men har til tider hatt en annen funksjon. Protokollene ble ført av rådstueskriveren og refererer de viktigste innkomne saker til Magistraten. Arkivet inneholder ni protokoller som dekker perioden 1705-1807.
Annotasjonsprotokollene antas å være en forløper til rådstueprotokollene. De fremstår som en kombinasjon av journal over innkomne brev/skriv og gir samtidig opplysninger om daglig virke ved Rådstuen. Det finnes to annotasjonsprotkoller i arkivet etter Bergen Magistrat som dekker perioden 1743-1767.
Rådstueprotokollene er knyttet til magistratens funksjon i byen og inneholder referater fra møter avholdt på Rådstuen. Fra starten i 1819 virker det å være to møter i uken. Her kunne personer møte opp legge frem saker for Magistraten. Man kan eksempelvis finne innførsler vedrørende utstedelse av borgerbrev og bilbrev for skip, valg av ligningsmenn og mye annet. Fra ca. 1837 og fremover kan man også finne referater fra møter mellom Magistraten og formannskapet.
Ekstraordinære protokoller 1705-1807
- Aa 1 Ekstraordinær protokoll 1705-1713
- Aa 2 Ekstraordinær protokoll 1713-1717
- Aa 3 Ekstraordinær protokoll 1717-1721
- Aa 4 Ekstraordinær protokoll 1721-1725
- Aa 5 Ekstraordinær protokoll 1725-1726
- Aa 6 Ekstraordinær protokoll 1726-1729
- Aa 7 Ekstraordinær protokoll 1729-1734
- Aa 8 Ekstraordinær protokoll 1734-1751
- Aa 9 Ekstraordinær protokoll 1751-1807
Annotasjonsprotokoller 1743-1767
Rådstueprotokoller 1819-1926
- Ac 1 Bergens Rådstueprotokoll 18.03.1819-20.09.1827
- Ac 2 Bergens Rådstueprotokoll 21.09.1827-04.08.1836
- Ac 3 Bergens Rådstueprotokoll 08.08.1836-07.05.1847
- Ac 4 Bergens Rådstueprotokoll 11.05.1847-23.09.1856
- Ac 5 Bergens Rådstueprotokoll 25.09.1856-27.01.1868
- Ac 6 Bergens Rådstueprotokoll 28.01.1868-16.05.1881
- Ac 7 Bergens Rådstueprotokoll 8.05.1881-02.06.1890
- Ac 8 Bergens Rådstueprotokoll 03.06.1890-25.06.1926